Pemerintah Indonesia, melalui Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan, telah memulai pendirian program Magister di beberapa universitas negeri dengan tujuan meningkatkan kualitas sumber daya manusia dan mempercepat pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi. Awalnya, program-program Magister ini difokuskan pada bidang-bidang seperti teknik, sains, dan kedokteran, sebelum akhirnya diperluas ke berbagai disiplin ilmu lainnya, termasuk ilmu sosial, hukum, ekonomi, dan pendidikan.
Program Magister Pendidikan Agama Islam (PAI) di Universitas Alma Ata (UAA) merupakan salah satu program di bawah Fakultas Tarbiyah dan Keguruan UAA. Program Magister PAI ini didirikan pada tanggal 10 Mei 2022, berdasarkan Surat Keputusan Rektor Nomor 0171b/A/SK/UAA/VII/2021, dengan Surat Keputusan Izin Operasional: Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia NOMOR 454 Tahun 2022. Akreditasi terakhirnya adalah peringkat BAIK, berdasarkan Surat Keputusan BAN-PT: 4882/SK/BAN-PT/AK.P/M/XI/2023.
Program Magister PAI di UAA telah menjalin kerjasama dengan berbagai institusi nasional dan internasional seperti: Universitas Islam Malang, Universitas Negeri Yogyakarta, UIN KH. Abdurrahman Wahid Pekalongan, IAI AL-Ibrahimy, STAINU Purworejo, STIT Madina Sragen, Universitas Islam Indonesia, dan Sekolah Tinggi Islam Yogyakarta, University of Ez-Zitouna Tunisia Afrika, Prince of Songkla University, National University of Malaysia, Universitas Putra Malaysia, Universitas Malaya, dan Universitas Teknik Malaysia Melaka. Kerjasama ini merupakan upaya untuk memperluas jaringan, meningkatkan kompetensi mahasiswa, serta memperkuat kapasitas institusi.
